主将与副将的协作机制是战斗系统的核心要素之一。主将的天赋和技能会完全生效，而副将仅技能生效，天赋不发挥作用。这一设计决定了主将通常选择天赋强度较高的统帅，副将则侧重技能互补性。主副将可以携带不同兵种，实战中需优先考虑兵种加成最高的搭配方案。兵力加成、技能联动和天赋强度是主副将搭配的三大核心考量因素。
主将需达到20级才能解锁副将位置，这意味着前期需集中经验书培养主力武将。三星以上的主将方可配备副将，因此统帅星级成长是协作关系的基础条件。副将的加入能显著提升部队战斗力，但需通过合理搭配发挥最大效益。采集、刷野和战斗场景对主副将组合有不同需求，例如采集型统帅搭配负载加成的副将可提升效率。
技能协同是主副将搭配的关键技术点。主将的主动技能与副将的被动或触发型技能可形成连携效果，例如群体伤害配合减益技能。部分技能在特定位置（主将或副将）会获得额外加成，这需要仔细研究技能描述。驻防场景中，主将的驻防天赋生效而副将无效，因此防守组合需优先考虑主将的驻防天赋强度。
主副将可选择不同兵种，但需确保加成的最大化。骑兵主将常搭配机动型副将提升行军速度，步兵主将则倾向选择防御强化型副将。混合兵种组合需注意属性加成覆盖范围，避免出现加成真空。稀有度并非绝对标准，某些紫色统帅在特定场景的副将表现优于金色统帅。
主将天赋通常点满一系或三系支路，副将虽不触发天赋但技能效果受天赋路线间接影响。13种天赋类型中，步兵、骑兵、弓兵等兵种天赋对主将定位起决定性作用。集结和野战场景需分别优化天赋配置，例如集结天赋对集结部队有额外加成。
实战中需动态调整主副将组合应对不同战场需求。圣坛争夺、资源采集和联盟战等场景需要针对性配置。科技研发和装备强化可以弥补某些组合的先天不足。持续观察战报数据是优化协作效果的必要手段，通过伤害占比和承伤数据可验证组合有效性。
